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基本医疗保险实行的定点医疗机构和定点药店管理。根据“人力资源社会保障部关于完善基本医疗保险定点医药机构协议管理的指导意见”，基本医疗保险定点管理制度被取消。
新的基本医疗保险定点医药机构协议管理如下：
一、规范程序
（1）自愿申请
依法设立的各类医药机构均可根据医疗保险医药服务的需要和条件，根据自身服务能力，自愿向统筹地区经办机构提出申请，并如实提供服务范围、服务规模、服务质量、服务特色、价格收费等方面的材料，配合做好经办机构评估工作。
统筹地区人力资源社会保障部门要及时公开医药机构应具备的条件。有关条件要体现基本医疗保险制度与管理的要求，包括医药机构规划布局、服务能力、内部管理、财务管理、信息系统等方面的内容。
（2）多方评估
统筹地区人力资源社会保障部门要制定医药机构评估规则和程序。经办机构开展评估要注重听取参保人员、专家、行业协会等各方面意见，探索通过第三方评价的方式开展评估，保证程序公开透明，结果公正合理。
（3）协商签约
经办机构根据评估结果，统筹考虑医药服务资源配置、服务能力和特色、医疗保险基金的支撑能力和信息系统建设以及参保人员就医意向等因素，与医药机构平等沟通、协商谈判。要根据“公平、公正、公开”的原则，鼓励医药机构在质量、价格、费用等方面进行竞争，选择服务质量好、价格合理、管理规范的医药机构签订服务协议。双方签订的服务协议，应报同级社会保险行政部门备案。
二、完善服务协议
（1）规范协议内容
服务协议除应包括服务人群、服务范围、服务内容、服务质量、费用结算、违约处理等基本内容外，要适应预算管理、付费方式改革、医药价格改革、医保医疗行为监管、异地就医结算等政策和管理要求，进一步细化总额控制指标、具体付费方式、付费标准、费用审核与控制、药品和诊疗项目以及医用材料管理、监督检查、医保医生管理、信息数据传输标准等内容，并根据医保政策和管理的需要及时补充完善。
（2）探索动态管理
有条件的地方可以通过长期协议与短期（如年度）协议相结合的办法探索动态协议管理。经办机构和医药机构双方的基本权益和义务，购买的医疗、药品服务范围等可在长期协议中约定；医药机构一段时期（如年、季度、月）提供的服务量、付费方式、付费办法和标准、考核指标以及其他管理要求等可在短期协议中明确。
三、加强监督管理
（1）严格履行服务协议
经办机构和医药机构要严格遵循服务协议的约定，认真履行协议。对违反服务协议约定的，应当按照协议追究违约方责任。
（2）加强行政监督
社会保险行政部门根据社会保险法等相关法律法规的规定，可以通过调查、抽查等多种方式对经办机构和协议管理的医药机构执行医疗保险政策法规、履行服务协议情况以及各项监管制度落实情况进行监督检查。发现违法违规行为的，应提出整改意见，并依法作出行政处罚决定。涉及其他行政部门职责的，移交相关部门；涉嫌犯罪的，移送公安机关。
（3）创新监管方式
拓宽监督途径、创新监督方式，探索通过参保人员满意度调查、引入第三方评价、聘请社会监督员等方式，动员社会各界参与医疗保险监督。畅通举报投诉渠道，及时发现问题并进行处理。
